Malaga została zdobyta w 571 r. przez Wizygotów. Ten okres to czas silnego konfliktu religijnego między rdzenną, katolicką ludnością, a ariańskimi Wizygotami. Przeciw arianizmowi występował Sewer, biskup Malagi. To pierwsza znana z imienia osoba związana z miastem. Konflikty zakończyły się wraz z koronacją syna Leowigilda – Rekkareda, który zdecydował o przejściu na katolicyzm. W 711–712 Musa (muzułmański gubernator Afryki Północnej) i jego dowódca, berberyjski wyzwoleniec Tarik, przekroczyli Gibraltar i rozpoczęli muzułmańską inwazję Płw. Iberyjskiego. Malaga padła podczas wojennej ekspedycji syna Musy, Abd al-Aziza w 716, i od tego czasu aż do XV stulecia znajdowała się pod władaniem muzułmanów. Pod koniec XV w. katoliccy królowie Hiszpanii postanowili skończyć z muzułmańskim królestwem na Płw. Iberyjskim. Malaga upadła w 1487 r. W przeciwieństwie do innych, zdobytych wcześniej twierdz broniła się zaciekle, toteż po jej zdobyciu królowie wzięli do niewoli wszystkich żywych mieszkańców miasta. Pięć lat później padła Grenada i ta data uznawana jest za koniec rekonkwisty. Na pamiątkę zwycięstwa w Maladze wzniesiono klasztory de la Victoria (zwycięstwa) i de la Trinidad (Trójcy Św.). 24 sierpnia 1704, podczas wojny o sukcesję hiszpańską doszło do bitwy morskiej pod Malagą. 14–15 października 1810, podczas wojen napoleońskich doszło do zwycięskiej obrony nieodległej twierdzy w Fuengiroli – 30 km na południowy zachód od Malagi wzdłuż wybrzeża, dowodzonej przez kpt. Franciszka Młokosiewicza siłami 4 Pułku Piechoty Księstwa Warszawskiego przed korpusem brytyjskim lorda Blayneya. w XIX rozpoczęła się kolejne okres rozwoju miasta, natomiast koniec XIX w. to kolejny kryzys miasta. Miasto powoli zamierało a dodatkowym ciosem były bombardowania francistowskie podczas wojny domowej.